Новороссийск — крупнейший порт России. Город расположен на берегу никогда не замерзающей Цемесской бухты — одной из наиболее удобных на Чёрном море. Порт Новороссийска обеспечивает морскую внешнеторговую деятельность России с регионами Азии, Среднего Востока, Африки, Средиземноморья и Южной Америки. Крупнейшая стивидорная компания порта — ОАО «Новороссийский морской торговый порт». В городе находится штаб-квартира Новороссийского морского пароходства — одного из 
крупнейших в России.
31 августа 1986 в 7 милях от Новороссийска потерпел кораблекрушение пассажирский пароход «Адмирал Нахимов». В катастрофе погибло 423 человека.
В Новороссийске — крупная железнодорожная станция (конечная на ветке от Крымской), обеспечивающая доставку и перевалку импортных и экспортных грузов. Есть железнодорожный вокзал. Пассажирские поезда обеспечивают сообщение с крупнейшими городами России. Основу внутригородского и пригородного пассажирского транспорта составляют троллейбусы, автобусы и маршрутные такси.
